Há alguma limitação na utilização de git num sistema de ficheiros fat?

Posso, simplesmente, fazer:

/mnt/pendrive/$ git init

na drive?

Queria seguir, com git, uns ficheiros que estão guardados numa pen para ser usada em computadores com windows. O git está no meu desktop linux e todo o trabalho com git será realizado no desktop com linux (a não ser que venha a instalar git no windows).